Das IUF wird von einem wissenschaftlichen Geschäftsführer (Prof. Dr. med. Jean Krutmann) und einem kaufmännischen Geschäftsführer (Dr. Alexander Beaucamp) geleitet.
 

Der wissenschaftliche Geschäftsführer trägt die Bezeichnung "wissenschaftlicher Direktor". Er vertritt das IUF nach aussen hin und  ist Sprecher der Geschäftsführung. In Abstimmung mit dem Aufsichtsrat und dem wissenschaftlichen Beirat bestimmt der wissenschaftliche Direktor die wissenschaftliche Ausrichtung des IUF.  Er führt die laufenden Geschäfte im wissenschaftlichen Bereich,  legt die Forschungsziele und die wissenschaftliche Struktur des IUF fest, und ihm obliegt die Personalauswahl im wissenschaftlichen Bereich.
 

Der kaufmännische Geschäftsführer trägt die Bezeichnung "kaufmännischer Direktor". Er ist stellvertretender Sprecher der Geschäftsführung. Ihm obliegt die kaufmännische Leitung des Instituts, die Regelung aller betriebswirtschaftlichen, rechtlichen und administrativen Fragen und die Personalauswahl im kaufmännischen Bereich. Er ist Beauftragter für den Haushalt.
 

Das IUF hat aktuell 11 reguläre Arbeitsgruppen, 2 Liaisongruppen mit Universitäten und zwei Nachwuchsgruppen.