Die zentrale Aufgabe (Forschungsmission) des IUF ist die präventivmedizinische Erforschung molekularer Mechanismen umweltinduzierter Störungen der menschlichen Gesundheit. Gemäß seiner Aufgabe als Leibniz-Institut betreibt das IUF primär anwendungsorientierte Forschung, die durch Grundlagenforschung gestützt wird.
 

Die wichtigsten durch Umweltfaktoren hervorgerufenen Gesundheitsschäden sind Allergien, Autoimmunkrankheiten, chronische Entzündungs- und Infektionskrankheiten, degenerative Erkrankungen, vorzeitige Alterungsprozesse und Tumorerkrankungen. Sie werden verursacht durch biologische Wirkungen, die ein Umweltschadstoff auf den menschlichen Organismus und das jeweilige Zielorgan ausübt. Das IUF analysiert die Mechanismen dieser Wirkungen, um präventive Strategien zu entwickeln. Hierbei fokussiert es auf umweltinduzierte Alterungsprozesse und umweltinduzierte Störungen des Immunsystems, besonders Allergien.